Tại khoản 2 Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định:
“Điều 11. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế
…
2. Địa điểm nộp hồ sơ khai thuế đối với người nộp thuế có hoạt động, kinh doanh trên nhiều địa bàn cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính theo quy định tại điểm b khoản 4 Điều 45 Luật Quản lý thuế thực hiện hạch toán tập trung tại trụ sở chính (trừ các trường hợp quy định tại khoản 1, khoản 3, khoản 4, khoản 5 và khoản 6 Điều này) tại cơ quan thuế quản lý trụ sở chính. Đồng thời, người nộp thuế phải nộp Bảng phân bổ số thuế phải nộp (nếu có) theo từng địa bàn cấp tỉnh nơi được hưởng nguồn thu ngân sách nhà nước (bao gồm cả đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh) cho cơ quan thuế quản lý trụ sở chính, …”
Tại khoản 9 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/06/2014 của Bộ Tài chính quy định:
“9. Trường hợp trong cùng kỳ tính thuế, doanh nghiệp có phát sinh hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế bị lỗ, hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế, thu nhập khác của các hoạt động kinh doanh (không bao gồm thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư; thu nhập từ chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản theo quy định của pháp luật) có thu nhập (hoặc ngược lại) thì doanh nghiệp bù trừ vào thu nhập chịu thuế của các hoạt động có thu nhập do doanh nghiệp lựa chọn. Phần thu nhập còn lại sau khi bù trừ áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất của hoạt động còn thu nhập.
…”
Tại khoản 1 Điều 12, điểm c khoản 2 và điểm c khoản 3 Điều 17 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/09/2021 của Bộ Tài chính quy định:
“Điều 12. Phân bổ nghĩa vụ thuế của người nộp thuế hạch toán tập trung có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại tỉnh khác nơi có trụ sở chính
1. Người nộp thuế có hoạt động, kinh doanh trên nhiều địa bàn cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thực hiện hạch toán tập trung tại trụ sở chính theo quy định tại khoản 2, khoản 4 Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ- CP thực hiện khai thuế, tính thuế và nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp và phân bổ số thuế phải nộp cho từng tỉnh nơi có hoạt động kinh doanh.”
“c) Phân bổ thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp đối với người nộp thuế có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất:
Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp tại từng tỉnh nơi có cơ sở sản xuất bằng (=) số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh nhân (x) với tỷ lệ (%) chi phí của từng cơ sở sản xuất trên tổng chi phí của người nộp thuế (không bao gồm chi phí của hoạt động được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp). Chi phí để xác định tỷ lệ phân bổ là chi phí thực tế phát sinh của kỳ tính thuế.
Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh không bao gồm số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp cho hoạt động được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của hoạt động được hưởng ưu đãi được xác định theo kết quả sản xuất kinh doanh của hoạt động được hưởng ưu đãi và mức ưu đãi được hưởng.”
“c) Đối với đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất:
c.1) Khai thuế, tạm nộp thuế hàng quý:
Người nộp thuế không phải nộp hồ sơ khai thuế quý nhưng phải xác định số thuế tạm nộp hàng quý theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 8 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP để nộp tiền thuế thu nhập doanh nghiệp tại từng tỉnh nơi có cơ sở sản xuất, bao gồm cả nơi có đơn vị được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.
c.2) Quyết toán thuế:
Người nộp thuế khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp đối với toàn bộ hoạt động sản xuất, kinh doanh theo mẫu số 03/TNDN, nộp phụ lục bảng phân bổ số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp cho các địa phương nơi được hưởng nguồn thu đối với cơ sở sản xuất theo mẫu số 03-8/TNDN ban hành kèm theo phụ lục II Thông tư này cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp; nộp số tiền thuế phân bổ cho từng tỉnh nơi có cơ sở sản xuất theo quy định tại khoản 4 Điều 12 Thông tư này.
Riêng hoạt động được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì người nộp thuế khai quyết toán thuế theo mẫu số 03/TNDN ban hành kèm theo phụ lục II Thông tư này tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp, xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của hoạt động được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo mẫu số 03-3A/TNDN, 03-3B/TNdN, 03-3C/TNDN, 03-3D/TNDN ban hành kèm theo phụ lục II Thông tư này và nộp tại cơ quan thuế nơi có đơn vị được hưởng ưu đãi khác tỉnh và cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Trường hợp số thuế đã tạm nộp theo quý nhỏ hơn số thuế phải nộp phân bổ cho từng tỉnh theo quyết toán thuế thì người nộp thuế phải nộp số thuế còn thiếu cho từng tỉnh. Trường hợp số thuế đã tạm nộp theo quý lớn hơn số thuế phân bổ cho từng tỉnh thì được xác định là số thuế nộp thừa và xử lý theo quy định tại Điều 60 Luật Quản lý thuế và Điều 25 Thông tư này. ”
Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty có trụ sở chính tại tỉnh Vĩnh Phúc, có chi nhánh hạch toán phụ thuộc là đơn vị sản xuất tại tỉnh Bắc Ninh thì Công ty khai thuế, nộp thuế và quyết toán thuế tập trung tại Cục Thuế tỉnh Vĩnh Phúc (là cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính) theo quy định tại khoản 2 Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP của Chính phủ và khoản 1 Điều 12 Thông tư số 80/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính. Đồng thời, Công ty phải nộp Bảng phân bổ số thuế phải nộp (nếu có) cho từng tỉnh nơi có hoạt động kinh doanh theo quy định tại khoản 2 Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP của Chính phủ và khoản 1 Điều 12 Thông tư số 80/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Trường hợp trong cùng kỳ tính thuế, Công ty có phát sinh hoạt động kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế bị lỗ, hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế, thu nhập khác của các hoạt động kinh doanh (không bao gồm thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư; thu nhập từ chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản theo quy định của pháp luật) có thu nhập (hoặc ngược lại) thì Công ty thực hiện bù trừ các khoản thu nhập theo quy định tại khoản 9 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính. Việc phân bổ thuế thu nhập doanh nghiệp Công ty thực hiện theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 17 Thông tư số 80/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính.
2. Thuế Giá trị gia tăng
Tại khoản 4 Điều 13 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/09/2021 của Bộ Tài chính quy định:
“4. Đối với đơn vị phụ thuộc trực tiếp bán hàng, sử dụng hoá đơn do đơn vị phụ thuộc đăng ký hoặc do người nộp thuế đăng ký với cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc, theo dõi hạch toán đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu ra, đầu vào thì đơn vị phụ thuộc khai thuế, nộp thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị phụ thuộc.”
Tại Điều 2 Thông tư số 25/2018/TT-BTC ngày 16/03/2018 của Bộ Tài chính quy định:
“Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Khoản 4 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT- BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính) như sau:
“4. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
a) Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu bao gồm cả trường hợp: Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu vào khu phi thuế quan; hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu ra nước ngoài, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.
Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ tiêu thụ nội địa thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.
Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (bao gồm số thuế GTGT đầu vào hạch toán riêng được và số thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ nêu trên) nếu sau khi bù trừ với số thuế GTGTphải nộp của hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ nội địa còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Số thuế GTGT được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhân (x) với 10%.
…”
Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp chi nhánh hạch toán phụ thuộc (sau đây gọi là Chi nhánh) của Công ty tại Bắc Ninh trực tiếp bán hàng, sử dụng hoá đơn do Chi nhánh đăng ký hoặc do Công ty đăng ký với cơ quan thuế quản lý Chi nhánh, theo dõi hạch toán đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu ra, đầu vào thì Chi nhánh khai thuế, nộp thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của Chi nhánh theo quy định tại khoản 4 Điều 13 Thông tư số 80/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Về hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu, Công ty thực hiện theo quy định tại Điều 2 Thông tư số 25/2018/TT-BTC của Bộ Tài chính. Số thuế GTGT còn được khấu trừ (nếu có) của Chi nhánh không được tổng hợp cùng với số thuế GTGT còn được khấu trừ của Công ty khi Công ty đề nghị hoàn thuế GTGT với cơ quan thuế quản lý.