Quy trình thanh tra thuế luôn là một vấn đề khiến không ít doanh nghiệp lo lắng. Vậy quy trình thanh tra thuế diễn ra như thế nào và kiểm tra những gì? Những thay đổi này ảnh hưởng trực tiếp đến sổ sách, chứng từ kế toán và thậm chí là dòng tiền của doanh nghiệp. Trong bài viết này, Trung tâm Kế Toán Việt Hưng sẽ chia sẻ những thông tin mới nhất về quy trình thanh tra thuế, giúp bạn hiểu rõ hơn về cách thức và những điều cần chuẩn bị khi bị thanh tra – giúp bạn chủ động phòng tránh rủi ro, vững vàng đối phó với mọi tình huống.
1. Thanh tra thuế là gì?
Thanh tra thuế là hoạt động của cơ quan quản lý thuế nhằm đánh giá việc chấp hành pháp luật về thuế của người nộp thuế, xác minh và thu thập chứng cứ để xử lý vi phạm nếu có, đồng thời hướng dẫn người nộp thuế thực hiện đúng quy định. Đây là một hình thức kiểm tra sâu hơn so với kiểm tra thuế thông thường, thường được thực hiện tại trụ sở của doanh nghiệp hoặc tổ chức, dựa trên kế hoạch hàng năm hoặc khi có dấu hiệu vi phạm.
PHÂN BIỆT thanh tra thuế và kiểm tra thuế:
– Kiểm tra thuế: Thường là kiểm tra hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế, tập trung vào tính chính xác và đầy đủ của dữ liệu, không nhất thiết phải đến trụ sở người nộp thuế.
– Thanh tra thuế: Bao gồm kiểm tra thực tế, thu thập chứng từ, phân tích thông tin chi tiết hơn, và có thể dẫn đến xử phạt nếu phát hiện sai phạm.
Nếu doanh nghiệp bị thanh tra, cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ như báo cáo tài chính, hóa đơn chứng từ, sổ sách kế toán để hỗ trợ quá trình.
1. Bộ Hồ sơ pháp lý
Đây là bộ hồ sơ cơ bản chứng minh tính hợp pháp và cấu trúc tổ chức của doanh nghiệp. Nó giúp cơ quan thuế xác minh thông tin đăng ký và tuân thủ quy định trong quá trình thanh tra thuế.
HỒ SƠ CẦN CHUẨN BỊ:
– Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (bao gồm tất cả các lần thay đổi, như thay đổi vốn, địa chỉ, ngành nghề).
– Điều lệ công ty (bao gồm các sửa đổi nếu có).
– Quy chế tiền lương (chi tiết cách tính lương, thưởng, phụ cấp).
– Quy chế tài chính (quy định quản lý chi phí, đầu tư).
– Đăng ký tài khoản ngân hàng (bao gồm thông báo thay đổi nếu có).
– Danh sách cổ đông hoặc thành viên (đối với công ty CP hoặc TNHH 2 thành viên trở lên, cập nhật theo thay đổi vốn).
– Đăng ký hình thức kế toán (ví dụ: kế toán Việt Nam – VAS hoặc quốc tế – IFRS).
– Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử (nếu chưa có, theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP)
– Thông báo sử dụng số định danh cá nhân thay mã số thuế cho cá nhân liên quan (áp dụng từ 01/07/2025).
CÁCH KIỂM TRA
– Kiểm tra tính đầy đủ và tính nhất quán giữa các tài liệu (ví dụ: danh sách cổ đông khớp với đăng ký kinh doanh).
– Đảm bảo tất cả tài liệu đều có dấu xác nhận của cơ quan nhà nước và cập nhật đến năm 2025 (kiểm tra thay đổi pháp lý như sử dụng VNeID cho dịch vụ công).
– Nếu thiếu, ghi chú và bổ sung ngay để tránh bị phạt vi phạm hành chính.
2. Bộ Danh mục hồ sơ chi tiết
Bộ này tập trung vào các báo cáo và chứng từ thuế, giúp chứng minh tính chính xác của kê khai và nộp thuế trong quá trình thanh tra thuế.
HỒ SƠ CẦN CHUẨN BỊ:
– Tờ khai thuế GTGT theo tháng/quý và bảng kê đầu vào, đầu ra tương ứng.
– Giấy nộp tiền ngân sách cho các loại thuế (GTGT, môn bài, TNDN, v.v.).
– Thông báo phát hành hóa đơn, hợp đồng đặt in hóa đơn (nếu còn sử dụng hóa đơn giấy; ưu tiên hóa đơn điện tử).
– Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn.
– Báo cáo tài chính, quyết toán thuế TNDN các năm trước.
– Tờ khai GTGT với mức giảm 2% (từ 10% xuống 8%) từ 01/07/2025 đến hết 2026
– Báo cáo khấu trừ thuế GTGT đầu vào với chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt bắt buộc (áp dụng cho tất cả giao dịch, không giới hạn 20 triệu)
– Hồ sơ hoàn thuế GTGT cho hàng hóa/dịch vụ chịu thuế suất 5% nếu số dư từ 300 triệu trở lên.
CÁCH KIỂM TRA
– Kiểm tra số liệu trên bảng kê có khớp với tờ khai GTGT không? Doanh thu có khớp với chỉ tiêu bán ra? (Chú ý điều chỉnh theo giảm thuế GTGT 2025).
– Hóa đơn có sắp xếp theo bảng kê? Đầy đủ không? Nếu thiếu/sai, ghi chú để kiểm tra (ưu tiên kiểm tra hóa đơn điện tử qua hệ thống thuế).
– Kiểm tra báo cáo sử dụng hóa đơn giữa các quý có khớp? Hóa đơn xóa bỏ có đầy đủ liên?
– Xem tờ khai quyết toán TNDN có điều chỉnh tăng/giảm chi phí/doanh thu? Ghi chú từng năm để giải trình (cập nhật chi phí được trừ mới như giảm phát thải khí nhà kính theo Luật TNDN 2025).
– Số dư TK 133 trên bảng cân đối kế toán có khớp với số dư GTGT khấu trừ chuyển kỳ sau trên tờ khai cuối năm? Nếu chênh lệch, tìm nguyên nhân và ghi chú.
– Kiểm tra tất cả chứng từ đầu vào có thanh toán không dùng tiền mặt để khấu trừ GTGT
– Đảm bảo khai bổ sung nếu sai sót theo quy định mới (khai vào kỳ phát hiện nếu giảm thuế phải nộp).
3. Hồ sơ lương
Bộ này chứng minh tính hợp lệ của chi phí lương và thuế TNCN trong quá trình thanh tra thuế..
HỒ SƠ CẦN CHUẨN BỊ
– Tờ khai khấu trừ thuế TNCN.
– Tờ khai quyết toán thuế TNCN các năm.
– Cam kết 02 – ủy quyền quyết toán (nếu có).
– Hợp đồng lao động.
– Chứng từ khấu trừ thuế TNCN cấp cho người lao động.
– Bảng lương từng tháng, bảng chấm công.
– Quyết định tăng lương, thưởng.
– Hồ sơ sử dụng số định danh cá nhân thay mã số thuế cho người lao động (áp dụng từ 01/07/2025);
– Báo cáo chi phí đào tạo nghề, phòng chống HIV/AIDS được trừ theo Luật TNDN mới.
CÁCH KIỂM TRA
– Kiểm tra hợp đồng lao động có đầy đủ? Thiếu của ai thì ghi chú bổ sung.
– Các khoản lương, thưởng, phụ cấp có thể hiện rõ trong hợp đồng/quy chế?
– Chi trả lương tiền mặt có đầy đủ chữ ký người lao động?
– Quyết định tăng lương/thưởng có đầy đủ? Nếu thiếu, ghi chú bổ sung.
– Kiểm tra số định danh cá nhân khớp với tờ khai TNCN; Đảm bảo chi phí lương được trừ không vượt mức quy định mới (như phúc lợi trực tiếp cho người lao động).
4. Hồ sơ khoản vay
Chứng minh tính hợp pháp và chi phí lãi vay được trừ trong quá trình thanh tra thuế.
HỒ SƠ CẦN CHUẨN BỊ
– Hợp đồng vay.
– Khế ước nhận nợ (kèm hóa đơn photo của nhà cung cấp, hợp đồng mua bán).
– Báo cáo lãi vay vốn hóa hoặc trừ chi phí theo Luật TNDN (giới hạn lãi vay không vượt 30% EBITDA, bổ sung chi phí lãi vay cho dự án xanh).
CÁCH KIỂM TRA
– Kiểm tra khoản vay có đầy đủ hợp đồng và khế ước nhận nợ?
– Chi phí lãi vay có vốn hóa hay trừ hết? (Lưu ý tiền mặt và vốn điều lệ; cập nhật giới hạn lãi vay 2025).
– Lãi vay trả cuối kỳ có trích trước vào chi phí?
5. Hồ sơ các khoản công nợ
Xác minh tính hợp lệ của công nợ phải thu/phải trả trong quá trình thanh tra thuế.
HỒ SƠ CẦN CHUẨN BỊ:
– Hợp đồng kinh tế đầu vào/đầu ra.
– Phụ lục hợp đồng.
– Biên bản đối chiếu công nợ
– Hợp đồng với nền tảng TMĐT (nếu áp dụng, khấu trừ thuế thay)
CÁCH KIỂM TRA
– Có đủ hợp đồng cho khách hàng/nhà cung cấp lớn? (Không bắt buộc hết, nhưng ưu tiên số dư lớn).
– Khách hàng ứng trước có điều khoản trong hợp đồng?
– Biên bản đối chiếu có khớp sổ kế toán?
XEM THÊM: 13 sai sót kế toán tiền lương thường gặp khi thanh tra thuế
6. Tiền mặt, tiền gửi ngân hàng
Đảm bảo tính minh bạch của dòng tiền trong quá trình thanh tra thuế.
HỒ SƠ CẦN CHUẨN BỊ
– Sổ quỹ tiền mặt.
– Sổ chi tiết tiền gửi ngân hàng.
– Phiếu thu/chi, chứng từ ngân hàng.
– Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho tất cả giao dịch khấu trừ GTGT.
CÁCH KIỂM TRA
– Sổ quỹ có âm thời điểm nào không?
– Sổ tiền gửi có khớp sao kê ngân hàng?
– Phiếu thu/chi tiền mặt có hợp lý/hợp lệ? (Ưu tiên không dùng tiền mặt cho khấu trừ 2025).
7. Hàng tồn kho
Chứng minh quản lý kho hàng trong quá trình thanh tra thuế.
HỒ SƠ CẦN CHUẨN BỊ
– Tổng hợp nhập-xuất-tồn.
– Phiếu nhập/xuất kho.
– Sổ chi tiết vật tư.
CÁCH KIỂM TRA
– Số liệu NXT có khớp bảng cân đối phát sinh?
– Phiếu nhập/xuất có đầy đủ chữ ký? (Kèm chứng từ: yêu cầu mua, hóa đơn, biên bản bàn giao, nghiệm thu, thanh toán).
8. Tài sản cố định (TSCĐ)
Xác minh khấu hao và biến động TSCĐ trong quá trình thanh tra thuế.
HỒ SƠ CẦN CHUẨN BỊ
– Bảng tính khấu hao TSCĐ.
– Biên bản nghiệm thu/bàn giao TSCĐ.
– Biên bản thanh lý TSCĐ.
– Hóa đơn, biên bản đánh giá chất lượng.
– Hồ sơ TSCĐ phục vụ giảm phát thải (được trừ chi phí theo Luật TNDN).
CÁCH KIỂM TRA
– Phân bổ khấu hao trên sổ (TK 214) có khớp bảng tính?
– TSCĐ tăng có đầy đủ hồ sơ/hóa đơn?
– TSCĐ giảm có biên bản thanh lý? (Kèm biên bản họp, quyết định, đánh giá lại).
9. Công cụ dụng cụ (CCDC)
Tương tự TSCĐ nhưng cho tài sản nhỏ trong quá trình thanh tra thuế.
HỒ SƠ CẦN CHUẨN BỊ
– Bảng tính phân bổ CCDC.
– Hóa đơn chứng từ.
CÁCH KIỂM TRA
– Phát sinh Nợ có khớp giá trị tăng trên bảng phân bổ?
– Phát sinh Có TK 242 có khớp bảng?
10. Các khoản thanh toán trên 20 triệu (và cập nhật tất cả thanh toán)
Ngăn chặn chi phí không được trừ do thanh toán tiền mặt trong quá trình thanh tra thuế.
HỒ SƠ CẦN CHUẨN BỊ
– Hóa đơn giá trị trên 20 triệu.
– Chứng từ thanh toán (ưu tiên không dùng tiền mặt).
– Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho TẤT CẢ giao dịch khấu trừ GTGT (bỏ ngưỡng 20 triệu, theo Luật GTGT mới).
CÁCH KIỂM TRA
– Photo hóa đơn trên 20 triệu kẹp với UNC để giải trình.
– Kiểm tra TK 111 có chi trả vượt 20 triệu bằng tiền mặt? (Kiểm tra TẤT CẢ thanh toán phải không dùng tiền mặt để khấu trừ).
Quy trình thanh tra thuế là một bước quan trọng để đảm bảo tính minh bạch và chính xác trong hoạt động kinh doanh. Nếu bạn còn thắc mắc về các nghiệp vụ kế toán, đừng ngần ngại để lại câu hỏi dưới bài viết này! Hoặc tham gia ngay Zalo Page Kế Toán Việt Hưng của chúng tôi để nhận hỗ trợ 1:1 và khám phá các ưu đãi đặc biệt cho khóa học kế toán tổng hợp – thuế và các dịch vụ kế toán đa lĩnh vực. Chúng tôi luôn sẵn sàng đồng hành cùng bạn!
BÀI LIÊN QUAN
16 Lỗi Kế Toán Doanh Nghiệp Rủi Ro Về Thuế Mới Nhất
Hạch Toán Doanh Thu Chưa Thực Hiện Dài Hạn Và Ngắn Hạn
Hạch Toán Doanh Thu Chưa Thực Hiện 3387: Khoản Học Phí Thu Trước Nhiều Kỳ
Cách Hạch Toán Doanh Thu Chưa Thực Hiện Được Thực Tế
Mẫu Phụ Lục Hợp Đồng Lao Động Mới Nhất Thực Tế
